フランス資本の多国籍企業ウォーター・エンバイロンメント社（ＷＥ社）が水資源を牛耳る北東京市。深刻な水不足でテロが頻発する中、貧しい市民に十分な水が供給されず、しかも幼児に謎の病が蔓延し、水道水を飲んだことが原因だという噂が広がっていた。その原因究明を命じられたＷＥ社の社員・海原剛士は、調査に訪れたダムで突如発生した高波に呑み込まれ、地底に広がる自然豊かな「水の国」にたどり着く。そこで剛士は衝撃の事実を知らされる……。