風の吹きすさぶ島で二人の少年が出会う時、赤い巨人が目覚める――！上流階級の区画「居留地」で育ったジョウンは、夏休みに小さな島へと旅立った。目的は亡き祖父の手記にあった"赤い巨人"の真偽を確かめること。その島でジョウンは、"赤い巨人"の相棒である不思議な少年アランと出会う。アランの生業である鯨(イーサ)獲りとは…？雲海を駆ける"赤い巨人"とは一体…？近世と未来が不自然に混ざった世界で、少年は真実を求める――。赤い巨人と二人の少年の運命を描くSFファンタジー開幕！！