突如異世界と繋がるゲートが出現し、異世界側からの侵略によって壊滅的なダメージを受けた地球。科学の粋を集めた攻撃も無効化されあわや滅びるかと思われた地球側だが、異世界の魔法を分析し、科学と融合させた「科学魔術」を生み出すことによってなんとか異世界人を押し返し、つかの間の均衡を手にした。「科学魔術」を持つ地球側の軍人である少年・物部星名（もののべ ほしな）は、南極に出現した難攻不落の城塞の攻略を命じられ――。地球VS.異世界、魔術VS.魔法！　超迫力異能バトルファンタジー！