Mr.インクレディブルことボブ・パーと妻のヘレンは、かつて世の中の平和を乱す悪と闘い、人々を危機から救い出す大活躍をしていた。ところが、１５年前にスーパー・ヒーロー制度が廃止され、夫妻は３人の子供たちと普通の家族生活を送ることになった。再び世界を救うことを夢見るボブの元に、ある日、謎の手紙が届く。それは、想像を絶する冒険の始まりだった・・・。