オメガの心理カウンセラー・千晶は苦難の道を経て、運命の相手であるアルファの医師・香月直哉と結ばれた。今では小学三年生の真尋と一歳になったばかりの娘・美智瑠と四人、穏やかであたたかい家庭を築いている。思いやりに溢れた直哉、そして賢く正義感の強い真尋に守られて幸せな日々を送る千晶だが、一歩外に出ればいまだに男性オメガに対する偏見は強い――真尋の授業参観の一件でそれを実感する千晶だった。そんな折、真尋に友達ができ、家に遊びにくることになった。やってきたのは女の子と見まがうばかりの美少年・瑠佳。大人びた印象の瑠佳だったが、千晶はそんな彼にどこか怯えているような不安に苛まれているような感じを抱く。もしかするとこの子はオメガなのか…。両親から疎まれていた子供時代の自分と重ね合わせ心配になる千晶。それからまもなく学校である事件が起きる…。