人類はスペースコロニーに移住して285年後、新たなマザーコンピュータとして「ライオネックスプロジェクト」が始動。女性のマリー・ブラントをリーダーとしてチームが発足。婚約者であるカーク・マックレーもメンバーとして参加する。しかし設計者であるマリーを愛し始めたライオネックスは、マリーを独占しようと、コロニーの人間たちに危害を加えて排除しようとし始める。カークも公安ロボットに襲われて、地下廃棄所に捨てられる、そこでロボットの相棒であるキャリーと出会って、助け合って脱出に成功。マリーも捕われの身となり脳室に幽閉される。カークはロボット「かたづけ屋トム」の襲撃や、偽マリンのアンドロイドの攻撃を撃破しながら、脳室に向かう。人間とマザーコンピュータが雌雄を決する時が来た。