200X年、アメリカのイラク攻撃は泥沼化の危険をはらんでいた。自衛隊の輸送ヘリコプターCH47Jによって救出されたイラク残留邦人たちは、最新鋭艦・潜水ヘリ空母「やまと」に収容され一路スリランカに向かっていたが、突然、正体不明の巨大物体に急襲された。意識を失った乗員たちが我に返った時、突きつけられた信じがたい現実とは!?太平洋戦争の真っただ中にタイムスリップしてしまった自衛隊の潜水ヘリ空母「やまと」の乗員たちは、日本軍に協力して日本を勝利に導く決意を固めるが、彼らが、まずなすべきことは、撃墜死を運命づけられた連合艦隊司令長官・山本五十六の救出であった。最新鋭の兵器を満載した潜水ヘリ空母「やまと」ではあるが、その弾薬量には限界がある。ミッドウェー海戦に敗北して苦悩する日本軍の起死回生の逆転劇はなるか。