きっと、俺と彼女は同じ列車に乗ったのだ。大切なものとのお別れの旅…。帰宅部の高梨耕平は同級生と言い争いをしているところを生徒会長である雨宮瑞季に止められる。瑞季には1年半前に亡くなった妹の理花がいて、なぜか高梨と瑞季にだけ理花の姿がみえる。そのことをきっかけにふたりの時間は重なっていく…。理花の無邪気さに翻弄されながらも仲を深めていくふたりだったが、次第に3人の関係は少しずつ歪みはじめる。交わらなかったはずのふたりの奇妙な放課後の寄り道が始まる。