脳の血管病を持つ広島の崩壊家庭に育った少年・ヒカル。その命を救った脳血管外科のパイオニアの老医師・火男。命は救われたものの、天涯孤独となったヒカルは高校をドロップアウト。一方、医療崩壊といわれるすさんだ医療現場での仕事に燃え尽きた火男は、故郷の長崎に帰る途中の三原で、偶然、ヒカルと再会する。そのふたりの前に建つ、1597年に殉教した二十六聖人の一人、トマス小崎の像。その二十六聖人に導かれるようにふたりの長崎への旅が始まる。とともに長崎に旅して、＜時＞について思いを巡らせ、１年かけて殉教と原爆について学ぶ。そして、生命の実相に触れることで心を被っていた殻が破られてゆく……。