一九四一年十二月八日、南雲中将率いる帝国海軍機動部隊は、オアフ島を奇襲した。空母六隻から出撃した攻撃隊は、米戦艦八隻を大破撃沈。だが湾内に敵空母は不在、なおかつ港湾・燃料施設への攻撃も不十分で、作戦は不完全に終わるかと思われた。だが、そのとき突如、未知の誘導弾が飛来して米軍施設を壊滅させ、所在不明だった空母『レキシントン』をも撃沈してしまう。作戦は当初の目的を達成し、大戦果をあげたのだ。ミサイルを発射したのは、『やまと』と名乗る謎の戦闘艦。『やまと』艦長南畝一佐は二十一世紀の海上自衛官で、この大戦で惨敗してアメリカの属国と化す日本の運命を覆し、日本を米国の軛から解き放つために未来からやってきたという。真珠湾の勝利で勢いに乗り、更に戦線を拡大させる連合艦隊とそれに助勢しようとする南畝。だが『やまと』の出現によって、日米戦は新たな混迷に飲み込まれようとしていた…。