病によって余命僅かなトキは北斗神拳を医術として役立てようと従者のラモと共に北斗寺院を旅だった。そんな中、立ち寄ったある村でトキは瞳に虚無を映す少年ルカと出会う。死に瀕していたルカを救ったトキは、この死を待つだけの者しかいなくなってしまった村に診療所を作ることを決意する。病人を助け、この時代に笑顔を取り戻すために。そしていつしかこの村は奇跡の村と呼ばれるようになる。噂を聞きつけ様々な人がこの村を訪れ、村には活気が戻ってきた。しかしそれを狙う悪党もまたこの村に狙いをさだめていた。トキが目を離した隙に悪党によって村は荒らされてしまう。悪党を北斗有情拳で倒したトキだったが、村の惨状に絶望の色が隠せないでいた。そんなトキを支えたのは、真っすぐな瞳でトキを見つめるルカだった。トキは命続くまで希望を失わないことを誓う。その頃、奇跡の村を狙って最大勢力の夜盗、ZEEDが奇跡の村へと近づいていた…。