北町奉行曲淵景漸の密命を受け、再興なった内藤新宿の宿場に潜入した隠密同心・神代京之介。いまや彼の身分は、奉行所を罷免され、妻をも離縁した孤独な浪人だった。だが、その真の使命は宿場の利権抗争にまつわる殺害事件の解明と、抗争を裏で操る黒幕を暴くこと。「隠密」からさらに闇に潜む「影」となって探索に乗り出す京之介だったが、錯綜する事件の裏には、五年前に起こった庄屋一家皆殺しと、ある大物の幕閣と譜代大名家の確執が潜んでいた……。