真珠湾奇襲攻撃から４カ月後、16機のB25が東京を報復空爆した。同時期、遭難中の鳴海大輔と片山丈が豊後水道で救出され、「大和」の中で覚醒した片山は、執拗に東京空襲を訴えていた。彼には断片的に未来が見えるのだ。連合艦隊司令長官・山本五十六の知遇を得た二人は、『特命参謀』として「MO」作戦に投入されるや、珊瑚海海戦を有利に戦い抜く。その折、鳴海も己の不思議な能力に目覚めていた。次々と戦功を挙げる二人は、正攻法では勝てない米国に対抗すべく「大和」を超弩級高速戦艦に改造。そして、波頭を蹴立て向かうは、日米が太平洋の覇権を賭け雌雄を決するミッドウェイ。