ある夏、小笠原の海では、深海に向けて潜水艇が下って行った。潜水艇の目的は、ダイオウイカにあった。ダイオウイカは、海洋生物としては、クジラなどの哺乳類を覗き、ジンベイザメとともに最大級に属していた。おもに、深海の中で生活しているため、その生態は謎に包まれており、たまに足の一部などが海面を漂って捕獲されるものの、生きた姿の全身になると、捕獲はおろか、撮影に成功したことはなかった。今回、ワタナベ准教授が率いるある大学の研究室のグループが、アメリカの研究グループとともに、このプロジェクトを立ち上げ、まさにそのトライをしようとしているところだった。潜水艇は、沈下を続けたが、深海サメのメガマウスには出くわしたりしたものの、ダイオウイカには巡り合わなかった。しばらくして、海洋船では、指示を送っていたワタナベを、助手のケイコが呼びに来た。ワタナベは一時的に部屋を出た。事件はその直後に起きた。潜水艇には、囮のソデイカがつけてあり、ダイオウイカはそれに目をつけていたが、ケイコのリクエストで電灯をつけた潜水艇そのものを獲物だと誤認識をした。潜水艇が、ダイオウイカに襲われた。ダイオウイカと潜水艇の格闘がはじまった。潜水艇は無事に帰還できるのか。そして、ダイオウイカの旅が始まることになる。