主人公の芳野睡蓮はある日家に帰ると妹の桜が突如姿を消し、水晶から聞こえる不思議な声に導かれ、もう一つの世界、ジオへと旅する。睡蓮はジオを救うために選ばれしもので、守護神と契約を交わし、魔族と戦いジオを救うという使命をおびた。ジオを旅しながら残る4人の契約者を探し、魔族の手から世界を救うべく、冒険が始まった。