南海の小島、ルパット島を本拠にするモロモロ団に日本人が次々と襲われ殺される事件が起きた。それでもルパット島に降り立った一人の男。その男もモロモロ団に襲われた所を少年ハリマオに救われた。ルパット島に近づく者は、なぜ狙われるのか。甲賀大尉に５歳のころから甲賀流武芸百般を教え込まれた少年ハリマオと、世界の平和を乱す悪、モロモロ団との凄絶な闘いの幕が切って降ろされた。そして、その闘いは看護師のチワワなど周囲の人たちを巻き込み…。