２０××年、東海地方で巨大地震が発生し、突如、自衛隊東富士演習場に小さなトンネルが出現した。調査の結果、トンネルは昭和１９年の日本と繋がっていることが判明する。しかし、向こう側の『昭和世界』は現代世界が知る歴史とは微妙に異なり、山本五十六が首相を務め、連合艦隊も健在というものだった。山本との接触を試みた２１世紀の日本は、彼の要請により、第二次大戦で追い詰められていた「昭和日本」を救うため科学技術の援助を決定。一方で、未来にとって貴重な戦略物資となる遺伝子工学上の発見という、巨大な利権を見出す。利権獲得のため、昭和日本を護るべく時空防衛隊を結成した未来世界は、太平洋戦争への本格介入を決意した！