突如現れた謎の土塊に生き埋めとなった少女が救われた事件を発端に、京都周辺に数多く出現し始めた謎の弁別不能体・不忍（シノバズ）。それは人の“動機”を殺すため存在を感知できず、視界に入れた者は行動不全に陥る。７年後、シノバズの討伐・処理組織「高天原探題（たかあまはらたんだい）」に参入した寺沢俊樹（てらさわとしき）は、かつて己が救い出すも危険な異能者として強制隔離されてしまった少女・皆戸清美（みなときよみ）との再会を望むが……比類なき独創性を放つ闘いと純愛の伝奇ＳＦ！