海底で異変が起きている!?地球規模の危機に、深海探査船「くろふね」は日本海溝に向かうが、1万メートルの深海で遭遇した「ヘルメット党」の潜水艦によって破壊されてしまう……。「くろふね」に乗船していた沖博士の息子・ススムは、「くろがね」と共に海に消えた父と兄の遺志を継ぎ、二人が残した潜水艦「スーパー99（ナインナイン）」に搭乗する！なぜ「くろふね」は狙われたのか？「ヘルメット党」の目的は？「スーパー99」、今、出航のとき！松本零士が描く大海洋アクション！