21世紀後半、世界は相変らず血と硝煙に満ちていた。レッド・アメリカと呼ばれるキューバ、ニカラグア地帯で起きたテロリストたちによる殺戮事件は、敵味方の区別なく死体の山が築かれた。その頃〈ミュウ・ハンター〉としての戦いを終えたシド・アキヤマはイラン・テヘランにいた。そこに内閣官房情報室の黒崎と名乗る男が現れ、〈サイバー・アーミー〉と呼ばれる四人組テロリストの殺害を依頼される。四人の名を聞いたアキヤマは驚愕した。すでにこの世にはいないはずの人物だ。しかもそのうちのひとり、ジョナはかつてアキヤマが愛した女性だった……。アキヤマの戦いが再び始まろうとしていた。