未曾有の大地震と、人間を喰らう魑魅魍魎の出現で十万人を超える死者を出した京都大災厄。復興の兆しをみたものの、琵琶湖の湖底に発生した巨大ホタルが人々を襲い、京都上空には、太平洋を越えて飛来したテニヤン島が浮遊していた。大災厄に立ち向かい命を落とした地質調査技師の木梨香流は貴船神社の竜神により復活していたが、恋人の真行寺君之と共に時空の牢獄に幽閉されていた。そして更なる災厄が……。