大企業の社長を父に持ち、特に不自由の無い退屈な高校生活を送っていた直哉に訪れた突然の父の訃報。そして父の葬式後、都築家に代々仕える執事の息子、三神から伝えられた事実は直哉の平和な日常に終わりを告げるものだった。「どうか我々を統べる総帥として、ご着任を」大企業という表の顔とは別に独自の世界情勢予測システムを使い半世紀以上に渡り、陰ながら世界平和を守ってきた秘密組織『機関』という裏の顔を持つ都築家。正統後継者である直哉に課せられた使命は急死した父・秀一郎に代わり、秘密組織『機関』の総帥として世界の秩序を守ることだった。