大型台風の被害で東京東部が水没して、十年。“ホーム”と呼ばれる地下施設で育った殺し屋の三井は、彼の過去を知る人物に遭遇し、指令を受ける。「おまえの仕事は、ホームにいた子どもたちをみつけだして、回収することだ」一方、縁陰大学病院の女性理事が何者かに襲われ重傷を負い、その息子、天才ハッカーの定法哲がアメリカから帰国する。二十年前の犯罪、十年前の過ちが二人を結ぶ―。