「帝国の大学」として数多くの指導者を養成し、日本近代史の原動力となった東京帝国大学は、学問と政治・社会との関わりや、権力と思想の自由の問題にどう対処してきたのだろうか。ムーアヘッド『倫理学』中の「弑逆」の解釈に端を発した「哲学館」事件や、桂太郎内閣の対露外交を批判して国論を二分することになった七博士の“日露開戦論”などを扱い、明治体制の確立を描く。