世界を破壊する怪奇現象、通称「奇跡」。その原因は奇跡の「因子」を持つ人間にあった。その対策に当たる国立特別指定現象対策局の研究者、華枝美希は奇跡の「因子」を持つ人間の運命をどうにか変えようと奔走していた。だが、彼女にも異変が起こり始める……。