ある夏の日、ひとり暮らしの高校生・田中くんの部屋に来訪者がやってきた。それはビジネススーツに身を包み、隣の部屋に引っ越してきた自称エルフの山田さん。彼は引っ越しの手土産にと、盆栽のような見た目の「ミニ世界樹」を差し出してきた。自分をエルフといい張る山田をうさんくさく感じながら、その木に「ミユ」と名前を付けて世話を始める田中くんだったが……。世界樹のお世話をしているうちに自称・ドワーフやら勇者がやってきて、小さなアパートで始まった田中くんのボタニカルライフはやがて世界を巻き込む大騒動へ!?