突如現れたドラゴンと総称される怪物たちにより、世界は一変した――。やがて人間の中に、ドラゴンの力を持った“Ｄ”と呼ばれる異能の少女たちが生まれる。存在を秘匿された唯一の男の“Ｄ”である少年・物部悠は、“Ｄ”の少女たちが集まる学園・ミッドガルに強制的に放り込まれ、学園生の少女イリスの裸を見てしまう。さらに生き別れの妹・深月と再会した悠は、この学園に入学することになり……!?